活佛转世是藏传佛教特有的传承方式，由噶玛噶举派的黑帽系于公元13世纪创立。    

     公元14、15世纪之交，藏传佛教格鲁派（黄教）创立。创始人宗喀巴，一生收了三个最重要的弟子：甲曹杰、克珠杰（一世班禅）和根敦朱巴（一世达赖喇嘛）。    

     根敦朱巴圆寂后，为防止内部分裂，袭用了噶玛噶举派的转世办法，由根敦朱巴的亲属及部分高僧指定后藏达纳地方出生的一名男孩为根敦朱巴的转世，这就是二世达赖根敦嘉措。由此形成达赖喇嘛活佛转世系统。1653年，清王朝顺治帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，以中央政府的册封形式确定了达赖喇嘛的封号和地位。此后，历世达赖喇嘛经中央政府册封以确认成为一项历史定制。    

     1645年，清王朝驻西藏的地方首领赠予罗桑曲结“班禅博克多”的尊号。这是班禅名号的正式开端。其前三世班禅是追认的。四世班禅圆寂后，后藏托布加溪卡的一位幼童被认定是他的转世灵童。这样，格鲁派又建立起一个班禅活佛系统。1713年，清康熙帝正式册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。从此，历代班禅额尔德尼须由中央政府册封方得以确认，也成为一项定制。班禅额尔德尼活佛转世系统取得了与达赖喇嘛转世系统平等的宗教地位，从而形成了达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛系统。